La Misilmeri attuale venne fondata nel 1540 dal barone Francesco Del Bosco, il quale trasforma il paese in un cantiere edile; nel 1553 fa costruire la nuova parrocchia di San Giovanni Battista, la Madrice, nel 1575 apre la strada che dà accesso al castello, la "Strada Grande". La ricostruzione del paese prosegue con un'altra chiesa, quella di Santa Rosalia, la prima ad essere dedicata alla Santa eremita palermitana che dal 1625 al 1671 fu patrona di Misilmeri, conosciuta più comunemente come la chiesa di San Paolino. Col principe di Cattolica e duca di Misilmeri si estingue la famiglia Del Bosco di Misilmeri alla quale va il merito più grande di aver fondato nel 1692 il più grande orto botanico d'Europa, nel Giardino Grande, del quale oggi purtroppo non rimane niente. Lo scopo di questo orto botanico era di coltivare erbe e piante per alleviare le sofferenze fisiche della povera gente di Misilmeri. Attirava molto l'attenzione del mondo civile di allora poichè questo tipo di istituzione umanitaria era davvero una cosa rara. Nel 1795, fondato l'Orto botanico di Palermo, più di 2000 piante di quello di Misilmeri vi furono trasferite. Nel 1896 è collocata a Misilmeri una lastra marmorea incisa in memoria di questo primato scientifico. Re Vittorio Amedeo II di Savoia volle visitare per questo motivo il paese. A Misilmeri, nel 1860, prima che I Mille arrivassero a Palermo, il generale Giuseppe Garibaldi, insieme a Nino Bixio e a Giuseppe La Masa, fondò il primo Comitato pronto a governare l'Italia. La piazza principale, ancora oggi, porta il nome di "Piazza Comitato 1860". Sulle colline di Gibilrossa, Garibaldì pronunciò a Nino Bixio le celebri parole "Nino domani a Palermo"